Нумерация счетов-фактур

Добрый вечер.
Подскажите, пожалуйста.
Провела экспресс проверку ведения учета и он мне выдал:
Обнаружены случаи нарушения нумерации счетов-фактур
    - Часть документов была внесена в программу «задним числом».
    - Некоторые документы были введены ошибочно и удалены.
    - Документы вводились в разных программах.
До меня бухгалтер авансовые счета-фактуры проводила через дробь
и некоторые счета-фактуры выписаны допустим:
сегодня 25/03/14 последняя счет-фактура № 15
сегодня выписываем 24/03/14 счет-фактура №16
Но на семинаре как-то говорили, что присвоение нумерации счетов-фактур это наше дело, суммы разные, наименование услуги, товара разные,
а номер мы можем присвоить даже 3 счета-фактуры под одним №.
Нарушение ли это для налогового учета.